ในวันเดียวกับที่แพทย์จะทำการฉีดเชื้อหรือทำการเจาะเก็บไข่แพทย์จะนัดให้ฝ่ายชายมาเก็บเชื้ออสุจิเพื่อให้ห้องปฏิบัติการ ได้ทำการคัดเลือกตัวอสุจิที่แข็งแรงพร้อม ที่จะเกิดการปฏิสนธิกับไข่ได้
ตามปกติในธรรมชาติภายหลังการร่วมเพศและมีการหลั่งน้ำอสุจิในช่องคลอด ตัวอสุจิที่เคลื่อนไหวได้ดีจะแยกตัวจากส่วนที่เรียกว่า seminal fluid ว่ายเข้าสู่ปากมดลูกแล้วเดินทางต่อไปในโพรงมดลูกจนถึงท่อนำไข่ เพื่อที่จะเกิดการปฏิสนธิกับไข่ ในการเตรียมเชื้ออสุจิเพื่อใช้ในเทคโนโลยีช่วยการเจริญพันธุ์นั้น ทางห้องปฏิบัติการก็จะเตรียมน้ำเชื้อโดยเลียนแบบธรรมชาติ คือต้องมีการแยกอสุจิที่ปกติออกจาก seminal fluid เพราะในส่วนของ seminal fluid ประกอบด้วยสารต่างๆเช่น Prostaglandins ซึ่งจะทำให้เกิดการหดรัดตัวของมดลูกอย่างรุนแรง นอกจากนี้ยังมีอสุจิที่ตายแล้วหรือผิดปกติ เม็ดเลือดขาวและเซลล์อื่นๆปะปนอยู่ ในขั้นตอนของการคัดแยกตัวอสุจิในห้องปฏิบัติการก็จะช่วยให้มีการเปลี่ยนแปลงของตัวอสุจิเช่นเดียวกับที่เกิดขึ้นในธรรมชาติ ช่วยให้อสุจิมีความพร้อมสำหรับการเกิดปฏิสนธิกับไข่ รวมทั้งเพื่อให้ได้อสุจิที่มีคุณภาพและมีปริมาณที่มากพออีกด้วย

ห้องปฏิบัติการวิเคราะห์และเตรียมอสุจิ ให้บริการเตรียมอสุจิ ดังต่อไปนี้

1. Simple washing

เป็นวิธีการปั่นล้างเชื้ออสุจิในน้ำยาที่ใช้เตรียมเชื้ออสุจิ วิธีการนี้ไม่ได้เป็นการคัดเลือกตัวอสุจิที่แข็งแรง เนื่องจากการปั่นล้าง เป็นการทำเพียงกำจัดเอา Seminal Fluid ออกไปเท่านั้น โดยยังคงมีเซลล์อื่นๆ เช่น ตัวอสุจิที่ตายแล้ว เซลล์เม็ดเลือดแดง เซลล์เยื่อบุผิว หรือเซลล์อื่นๆ ปะปนอยู่ในเชื้ออสุจิที่ผ่านการเตรียมแล้ว วิธีนี้มักจะใช้ในกรณีที่คนไข้มีเชื้ออสุจิจำนวนน้อยมากๆ เท่านั้น

2. Gradient Separation

เป็นวิธีคัดเลือกตัวอสุจิที่เข็งแรงออกจาก Seminal fluid มาอยู่ในน้ำยา เป็นอีกวิธีหนึ่งที่นิยมใช้ในการเตรียมเชื้ออสุจิ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในรายที่เชื้ออสุจิมีประมาณน้อย ใช้สารเคมี ที่เรียกว่า Silane coated silica
วิธีนี้จะใช้หลักการของความหนาแน่นของสารละลาย ที่จะยอมให้สารที่มีความหนาแน่นสูงกว่าผ่านชั้นของสารไปได้เชื้ออสุจิที่ มีชีวิตจะมีความหนาแน่นของเซลล์สูง จึงสามารถผ่านชั้นของ Silane coated silica ที่ความเข้มข้นสูงไปได้ ส่วนเชื้ออสุจิที่ตายแล้ว และเซลล์อื่นๆ จะมีความหนาแน่นเซลล์ต่ำ จึงไม่สามารถถูกปั่นผ่านชั้นของสารละลายไปได้

3. Swim up

เป็นวิธีคัดเลือกตัวอสุจิที่เข็งแรงออกจาก Seminal fluid มาอยู่ในน้ำยาเป็นวิธีที่นิยมใช้มากในการเตรียมเชื้ออสุจิ ซึ่งเป็นการ คัดเลือกตัวอสุจิของคนไข้ ในรายที่มีจำนวนเชื้ออสุจิที่วิ่งจำนวนมาก หลังจากการเตรียมจะมีเซลล์แปลกปลอมอื่นๆ น้อยมาก